Alper Uzun - 9 Eylül 2008
Küçük bir çocukken halının üzerine oturup hayal dünyamın o an nereye yolculuğu başlayacaksa artık ona göre ellerimde tuttuğum küçük parçaları birleştirir, ekler, sonra bozardım.
Bu yap boz işleri ta ki hayalimde kurduğum figüre yaklaşana, beni "hah oldu işte" dedirtene kadar devam ederdi.
Türlü türlü şekil verdiğim şey LEGO setinin küçüklü büyüklü parçalarından oluşmuş itfaiye setiydi. Fakat o set neredeyse itfaiye haricinde her şey oluyordu benim için. O renkli renkli bloklar kimi zaman bir uzay gemisi, kimi zaman bir lokantanın yemekleriydi. Tabii ben de lokantanın ahçısı. Kısacası artık kafamdaki oyunumun senaryosu ne ise parçaların işlevleri de ona göre değişiyordu.
Dolayısı ile canım hiç sıkılmazdı. Hayaller sınırsızdı ve elimdeki set ile yapabileceklerim de galiba neredeyse bir o kadar uçsuz bucaksızdı.
O zamanlar elbette tahmin edemezdim ama ileride yapacağım iş o LEGO seti oyunlarıma az çok benzeyecekmiş meğerse. Yok yok LEGO firmasına oyuncak deneyicisi olarak girmedim. Ama genlerle ve özellikle de proteinler ile uğraşmak yine de pek bir yakın sayılır o günlerin uğraşısına diye düşünüyorum.
Yaşayabilmemiz için vücudumuzda o kadar çok iş dönmekte ki sanki ayrı bir evren var içimizde. Yüzbinlerce protein var ve hepsinin bir takım özellikleri sayesinde hayat kuruluyor, devam ediyor. Yüzbinlerce sayıda farklı proteinin yapısını amino asit adı verilen ve sadece 20 adet olan bu yapıtaşları oluşturuyor. Bir zincirin halkası gibi değişik düzenlerde yanyana gelmeleri farklı farklı proteinleri teşkil etmesine sebep olsa da asıl önemli nokta üç boyutlu yapılarında.
Değişik şekillerdeler. Kimileri gidip DNA'ya bağlanıyor ve adeta bir tamirci gibi DNA'nın hasar gören yerini tamir ediyor. Diğer biri bu tamirciye tamir edeceği yeri gösteriyor.
Tüm bunlar için ise yapılarının şekli çok önemli. Öyle bir halde olmalı ki bu tamircilik görevini üstlenmiş protein. DNA'nın o helezonik yapısına rağmen ona bağlanmalı ve yine bir takım köşeleri, kenarları öyle olmalı ki ona tamir edilecek yeri gösterecek diğer proteini de tanımalı ve ona bağlanmalı. Girintiler, çıkıntılar her şey ama her şey anlamlı olmalı.
Ufak tefek değişiklikler ve meselâ "tamam abicim yaa, onu da kabul ederiz tamam, bağlan sen böyle DNA'ya" gibi esnekliklere (!) yer yok bu evrende.
Her şey olması gerektiği gibi olmalı.
Bir hocam "canlı bir hücredeki düzeni ekonomiye uygulayabilseydik her şey belki de ne kadar kolay olurdu" demişti.
Haklıydı. Hiç bir şey boşuna üretilmiyordu. Yok da edilmiyordu. Bir şeyler hep ama hep kontrol ediliyordu, mükemmel bir mekanizma vardı. Sistemdeki her unsur bir şekilde bu denetime katıldığından, sistem devam edebiliyordu. İşler çığrından çıkmamalıydı. Çıkarsa zaten her şey bitiyordu.
Proteinlerin üç boyutlu yapısına baktığınızda tıpkı o LEGO setleri gibi birbiri içine geçmiş ve yapacağı işe göre özelleşmiş parçalar var. Yakın bir gelecekte istenilen bir takım proteinler böyle LEGO setlerinin parçacıkları gibi takıp çıkarılacak. Ona göre ilaçlar yapılacak. Bireye özel ilâç geliştirilmesinde belki de en heyecan verici adımlar böyle atılacak.
Bir zincirin halkası gibi yanyana dizilmiş olan bu amino asitler yani hiç komşu olamayacak üyeler bu zincirin katlanarak, üstüste, altalta gelerek değişik şekiller oluşturmasıyla bir anda en çok etkileşime geçen unsurlara dönüşüyorlar.
Nasıl olur derseniz? Çok basit bir örnek verilebilir. Hani tıpkı bir ipi aldığınızda ucunu sonuna gelecek şekilde üzerine katlayın. Ve bir anda ortada bulunanlar uzak olmalarına rağmen komşu olacaklar. Sonra daha da katlayın hatta ipi yuvarlayın elinizde top gibi yapın. Nice komşuluklar meydana getirmiş olursunuz.
Proteinin o üç boyutlu yapısını nasıl kazandığına dair çalışmalar devam ediyor ve uzunca bir süre de bilim adamlarını meşgul edecek.
Hastalıkların mekanizmasının anlaşılmasında yine bu 3 boyutluluğun çok önemi var. Değişik şekiller başka başka şekiller ile nasıl birleşiyor? Nasıl tanıyorlar ve ne zaman bağlanacaklarını nasıl biliyorlar? Bu arada "bağlanma/birleşme" derken tıpkı uzay mekiğinin uzay istasyonuna kenetlenip ayrılması gibi bir durumu anlatmaya çalışıyorum.
Bir takım proteinler var, bakıyorsunuz başka bir molekülün onunla kısa bir etkileşime geçmesi ile yapısını öyle bir değiştiriyor ki, uygun hale geldiği için gidip öncesinde bağlanması mümkün olmayan proteine bağlanıp gerekli reaksiyonu başlatıyor ya da bitiriyorlar.
Bugünün teknolojisi ile en hızlı bilgisayarı alın ve proteinlerin üç boyutlu yapılarını kazanmaları sırasında meydana gelen katlanma ve kıvrımlanmalarının sadece 50 milisaniyelik kısmını hesaplamaya çalışın. Gereken süre 30.000 (otuz bin) Yıl.
"İçimizdeki teknoloji bizden ne kadar da ilerideymiş yahu" diye düşünmeden edemiyor insan. İnanılmaz hızlı ve şok edici bir evrenden bahsediyoruz.
Günlük koşuşturmacalarımız içinde mutlulukları, hüzünleri, olmadık heyecanları yaşıyoruz. Kuralları ihlal ediyoruz, pek dürüst davranmıyoruz, birtakım işleri kılıfına uyduruyoruz. Biz böylesine "miş gibi yapılan" hayatları yaşıyorken, içimizdeki dünya ise herşeyi milimetrik (nanometrik mi demeliydim yoksa) uyguluyor.
Bölünüyor, katlanıyor, parçalanıyor. Zaten doğal uygulamanın dışına çıktığında da hayat bitiyor ve biz de bitiyoruz.
Alper Uzun yazıları
Alper Uzun'un web sitesi: Hayattan ve Masallardan Biraz
Ahmet Faruk Yağcı
Don de Lillo, Cosmopolis kitabındaki kahramanına "en yakındaki kişinin en büyük tehlike olduğunu" düşündürtür. Ürperticidir. Ben de şimdileride sıradan ve normal görüntülü potansiyel suçlular ile ne kadar iç içe olduğumuzun merakı içindeyim.
Adaletin tecelli edebilmesi için, hadi daha k…
Yalınayak Sokrates » Savunmanın kör noktası
Bugünkü Radikal'de, Eyüp Can'ın Sevan Abi'nin…
Deniz Türkoğlu » Kıyıcı Sol ve kelle hesabı
Eğitim cehaleti alır, molozluk baki kal…
Necdet Şen » Kıyıcı Sol ve kelle hesabı
Sayın Tarmayan, Nişanyan sabah yatakten ka…
Fersan Cevriye » Kıyıcı Sol ve kelle hesabı
Sabah yataktan kalkıtığında ve gece yatarken…
Kaytar Mayan » Kıyıcı Sol ve kelle hesabı
İstanbul'daki Dink operasyonunu düzenleyen istihbarat müdürü Ankara'ya çağrılıp görevinden alındı. Yerine Trabzon'dan Ankara'ya gelen ekipten bir isim atandı.
Hülya Yalçın
Suç ne olursa olsun, suçlunun savunmasını yapmak demek "illâ ki onun suç işlemediğini kanıtlamak" değil, suça giden süreçte yaşanılanları da hukuki potada değerlendirip, mahkemeye sunarak, suç ve cezada dengeyi sağlamaktır.
Deniz Türkoğlu
Toprağın üstünde elde silâh su gibi kan dökmekten, toprağın altında oturduğumuz her karışı kazma kürek eşelemekten daha iyi bir şey anlamına gelir mi bu, onu bilmem.
Hikmet Kıvılcımlı
Bugün hâlâ -gözü kararmış vurguncu, derebeği, ezgici olmayan- her Mümin ve Müslüman, o Ganimet Sûre'sinin en birinci ayetini bir, bir daha, namusluca okuyup anlamıya çalışabilir. Kur'an ortadadır.
Erdem Abaka
Bir "milletler topluluğu" yaratma hayalinden bir çırpıda vazgeçerek, adına ihtilâl yapılan halkların kanları ve acıları üstüne çelik bir çekirdek inşa eden İttihatçı zihniyet, Türk halkının sırtına taşınması zor bir yük bindirdi.
© Derkenar - Sitedeki içerik 5846 sayılı Fikir ve Sanat Eserleri Yasası ile korunmaktadır. Yazılı izin olmadan kopyalanamaz, çoğaltılamaz, değiştirilemez, başka mecralarda kullanılamaz. Ancak uzunluğu 200 kelimeyi geçmemek, yazar adı ve kaynak belirtmek ve bu sayfaya link vermek kaydıyla yazılardan alıntı yapılabilir.
(Ayrıntılı bilgi için, bakınız »
Derkenar'ın Manifestosu)
Şu an 371 çift göz Derkenar'a bakıyor
Yazı Boyutu
Büyük
Standart